Идеја о оснивању Православног богословског факултета, који би деловао у саставу Универзитета, први пут је у српској јавности изнета још 1869. године.
Први пројекат наставног плана овог факултета, утврђен 1870. године за потребе разматрања у Влади Србије, предвиђао је изучавање на њему 16 обавезних предмета: Историјски развитак догмата, Морално богословље, Упоредно богословље, Канонско право, Свето Писмо, Историја религије, Историја духовне књижевности, Логика и психологија, Историја филозофије, Естетика са историјом уметности, Историја јужних Словена, Историја књижевности јужних Словена, Педагогија, Словенски језици, Грчки језик и један живи страни језик (по избору). Међутим, како је целокупан пројекат оснивања Универзитета због низа неповољних околности био на дуже време осујећен, Православни богословски факултет основан је, заједно са још четири високошколске установе (Филозофски, Правни, Медицински и Технички факултет) тек 1905. године, када је, 27. фебруара, проглашен Закон о Универзитету. Као допуна Закону, донета је 1. октобра исте године и Општа уредба Универзитета којом су били регулисани, између осталог, и режими студија на сваком појединачном факултету.
Почетак рада
Ипак, због недостатка квалификованих наставника и неповољних историјских околности, Православни богословски факултет сачекаће још 15 година да би 1920. започео свој до данас непрекинути рад. Оснивачка седница Савета Православног богословског факултета у Београду одржана је 6. септембра 1920. у Ректорату Београдског универзитета, предавања су отпочела 15. децембра исте године, а прва уредба о раду факултета објављена је 11. фебруара 1921. Факултет је тада био смештен у „згради Крсмановића“ у Богојављенској улици број 2 и делио је простор са неколико одељења Министарства вера Краљевине СХС. Отпочињању наставе теологије на Универзитету пресудно је допринео долазак руских доктора теологије, међу којима је било и професора духовних академија, у Краљевину Срба, Хрвата и Словенаца у првом таласу емиграције након бољшевичког револуционарног преврата. Такође, стварањем заједничке државе створили су се услови за ангажовање високообразованог теолошког кадра из Сремских Карловаца у Београду. Међутим, не би требало занемарити ни политичке разлоге, који су у уједињеној југословенској држави увек, па и у овом случају, играли значајну улогу. Наиме, није било очекивано да српска елита, која је из светског рата изашла као велики победник и која је доминирала југословенском политичком и државном сценом, препусти римокатолицима примат макар и у таквим доменима као што је високо теолошко образовање. Римокатолички теолошки факултет у Загребу постојао је већ вековима, а непостојање православног богословског факултета у Београду доводило је у питање чак и равноправност Српске православне цркве са новим ривалом у уједињеној југословенској држави. Без научне теологије Српска православна црква би временом све више заостајала за Римокатоличком црквом. Такав исход био би неповољан у вишенационалној држави у којој је верско питање било неодвојиво од националног. Овакав пропуст српска елита тога доба није дозвољавала. Такође, сви хрватски посланици у Скупштини подржали су увођење студија теологије на Београдском универзитету, а та је подршка свакако имала политичку позадину: наиме, да је православна теологија остала изван Универзитета, као што су предлагали неки посланици, било би сасвим извесно да би и римокатолички теолошки факултет био одстрањен са Свеучилишта у Загребу.
У својој Светосавској беседи 1921. године, говорећи о отварању нових факултета у окриљу Београдског универзитета, тадашњи ректор Слободан Јовановић посветио је пажњу и Богословском факултету, истакавши да ће се овим чином још јаче утврдити сарадња између научника и теолога. Посматрајући науку као велику целину у којој свака дисциплина стоји са другом у вези, а Универзитет као институцију која негује све науке упоредо и омогућава њихово узајамно прожимање и употпуњавање, Јовановић је изнео афирмативан став о неговању студија теологије, нагласивши да је предавање историје Цркве, црквенословенског језика и црквене књижевности изузетно блиско интересовањима студената историјско-филолошке групе Филозофског факултета, а да је историја религије од велике важности за психологе, социологе и све оне који се баве друштвеним наукама.
Спремање стручних радника
У првој Уредби о раду Православног богословског факултета, донетој 1921. године, прецизирало се да су основни задаци Факултета „да се обрађује богословска наука и спреме стручни радници на њој и да даје духовне пастире са вишом спремом, наставнике за богословске предмете у стручним и средњим школама“. У осам семестара, или четири године студирања, били су заступљени следећи предмети: Свето Писмо Старог и Новог завета, Догматика, Хришћанска етика, Апологетика, Упоредно богословље, Патрологија, Библијска историја са библијском археологијом, Општа историја хришћанске Цркве, Историја Српске цркве са историјом других словенских народа, Црквено право, Литургика, Омилитика са практичним беседама, Пастирско богословље, Историја религије, Општа историја са основама социологије и методологијом историје, Историја српског народа и осталих јужних Словена са етнографијом и историјом књижевности, Културна историја Византије, Философија са психологијом и логиком, Педагогија са методиком богословских предмета, Историја хришћанске уметности, Црквенословенски језик са палеологијом, Старојеврејски језик и Грчки језик. У међуратном периоду биће донета још два иновирана наставна програма - 1923. и 1935, а прецизираће се и стицање академског назива доктора теолошких наука и стицање научно-наставних звања на овој установи.
Током окупације Православни богословски факултет претрпео је велике материјалне и кадровске штете. Већ приликом бомбардовања Београда, 6. априла 1941. године, страдао је Дом студената који се налазио у згради задужбине епископа нишког Никанора Ружичића на Косанчићевом венцу бр. 14, поред зграде Народне библиотеке. Одмах по окупацији настава је прекинута и наставници су најпре стављени на располагање, а потом пензионисани. Факултет је августа 1941. избачен из зграде у Краља Петра бр. 2, у којој су се налазили деканат, слушаонице, семинари и библиотека, и у њу је смештена немачка војска. У таквим условима намештај је потпуно уништен, инвентар деканата и књиге административне службе су делом опљачкани, а делом пренети на друге факултете. Библиотека и архива страдале су само делимично, пошто су пребачене у зграду Патријаршије. Наставнички кадар био је готово преполовљен: док је 1941. било укупно 22 наставника, 1. октобра 1945. њихов број је износио само 13.
Време под комунистима
После ослобођења Православни богословски факултет нашао се у ситуацији у којој се о смислу и разлозима његовог деловања у оквиру Универзитета одлучивало са позиција новог, једнопартијског државног поретка заснованог на комунистичкој идеологији. Иако је првих неколико година Факултет званично третиран као део Универзитета, налазећи се под управом државних органа и добијајући средства за рад из буџета, у многим питањима био је запостављен и маргинализован због идеолошке неподобности. Наставници и студенти били су излагани праћењу од стране органа државне безбедности, партијских и омладинских активиста. Под контролом су била и религијска уверења студената других факултета, а сваки додир са Црквом и Богословским факултетом чинио је негативан део карактеристике студента. Млади теолози систематски су излагани политичким притисцима, жигосани су као непријатељски расположени према новом режиму и били принуђени на живот у друштвеној изопштености, а општеприсутном антирелигиозном пропагандом стварана је представа о њиховој некорисности. Услед тога су студенти одвраћани од студирања, а нови кандидати од уписивања. До радикалног заоштравања односа државе према Цркви и убрзавања решења питања опстанка Богословског факултета на Београдском универзитету, односно опстанка свих теолошких факултета на југословенским универзитетима, доћи ће почетком 50-их година. Партијски врх се почетком 1952. године дубље позабавио питањима религије и Цркве и донео закључак да треба принципијелно спровести уставну одредбу о одвојености Цркве од државе, да треба избацити веронауку из школе, сузбијати утицај свештенства међу омладином, „разбити богословије“ и „онемогућити оспособљавање кадрова за богословије“. Тако је решено и питање даљег статуса теолошких факултета у Југославији, који су током 1952. одвојени од својих универзитета. Фебруара 1952. Влада Србије донела је решење којим је Богословски факултет у Београду укинут као државна установа, издвојен из Београдског универзитета и припојен Српској православној цркви. Под окриљем Цркве Факултет почиње са радом 6. октобра 1952. године. На свечаности поводом почетка школске године патријарх Викентије нагласио је да ће „Црква са своје стране учинити све што до ње стоји да Богословски факултет СПЦ буде на истој висини као и Богословски факултет Београдског универзитета“ и да ће „наставницима и студентима пружити сву материјалну и корисну подршку“. Тако је Православни богословски факултет од 1. јула 1952. године био под старањем Цркве. Одлуком Владе Републике Србије од 1. јануара 2004. године, којом је решење о ликвидацији Православног богословског факултета проглашено нелегитимним и анулирано, Факултет је поново враћен у састав Београдског универзитета, с тим што је Факултет остао у духовном и канонском окриљу Српске православне цркве. Његова Светост Патријарх српски је еџ оффицио врховни покровитељ Факултета, а декан Факултета је Његово Преосвештенство Епископ новосадски и бачки г. Иринеј (Буловић).
Данас на Православном богословском факултету студира више од 1.600 младића и девојака који се оспособљавају за свештенички, вероучитељски позив и научни рад у области теологије. На Факултету предаје 6 редовних, 5 ванредних професора, 8 доцената, 2 предавача, 6 асистената и 11 асистената-приправника. У предавачком саставу заступљени су и угледни архијереји наше Цркве, свештеници и монаси. Студијски планови и програми у потпуности су усаглашени са новим Законом о високом школству и Болоњским процесом. Настава је организована по моделу основне академске студије у трајању од 8 или 6 семестара, у зависности од одабраног смера, и мастер студије у трајању од 2 или 4 семестра, опет у зависности од смера.
Упис на факултет
На студије теологије могу се уписати ученици са претходно завршеном богословијом, који имају право да се определе за све смерове (општа теологија и практична теологија), и ученици са завршеним гимназијским или средњим стручним образовањем, који се упућују на студије на смеру за општу теологију. Поред општег програмског језгра, студенти се, у складу са својим афинитетима, опредељују и за два од шест понуђених модула - библијских, патролошких, систематских, црквено-историјских, философских или практичних дисциплина. План основних студија представља комбинацију теоријских и примењених знања која може задовољити и потребе оних студената који желе да се баве науком или предавачком делатношћу у духовним школама, али и оних који би стечена знања применили у пастирској или катихетској (вероучитељској) служби. На Факултет се, након пријемних испита из теологије и опште културе, примају кандидати оба пола, уз неопходну препоруку епархијског архијереја. Такође, овде своја теолошка знања могу продубљавати и припадници других конфесија, уз сагласност јерархије СПЦ. Факултет негује интензивну сарадњу са низом реномираних теолошких установа у свету, као што су Латерански универзитет у Риму, Богословски факултети Аристотеловог универзитета у Солуну и Универзитета у Атини, духовне академије у Москви и Петрограду, теолошки факултети у Немачкој, Швајцарској, Француској, САД. Библиотека Факултета поседује око сто хиљада књига, а њене услуге све више користе и академски делатници са других факултета и научних установа. Библиотечки фондови попуњавају се донацијама које библиотека добија од различитих институција и фондација, што омогућава њен стабилинији и перспективнији развој. У оквиру научноистраживачког рада Факултета ради се на научном пројекту „Српска теологија у ЏЏ веку: истраживачки проблеми и резултати“, регистрованом у Министарству науке Републике Србије; издају се часописи Богословлје, Филотеос и Стил, а студенти имају и своје гласило Логос. Периодично се организују и научни скупови од националног и међународног значаја. Факултет у свом саставу има два интерната (за младиће и девојке), а његови студенти већ неколико година имају право да конкуришу за место и у другим домовима и да користе услуге студентских мензи. Срце ове високе духовне школе свакако је храм Св. Јована Богослова, у коме се свакодневно одвија пун круг богослужења (јутрење, вечерње, повечерје, часови), а суботом, недељом и празником служи се и Литургија, на коју радо долазе и студенти са других факултета. Млади богослови на службама поју за певницом, помажу свештеницима, а они који имају свештенички и свештеномонашки чин служе заједно са својим професорима. Настава почиње и завршава се молитвом, у модерно опремљеним амфитеатрима, слушаоницама и кабинетима у згради на Карабурми подигнутој 90-их година. Све је у овој установи засновано на уважавању људске слободе и достојанства, на поверењу и љубави - оним вредностима које ће будући вероучитељи и свештеници и сами усађивати људима међу којима буду ширили поруку Цркве.